Уничтожение заключенных в лагере производили в массовом масштабе и различными методами: расстрел, отравление ядами, отравление газами, распространение инфекционных заболеваний, введение гнойных бактерий в организм. До 1944 г. массовые уничтожения заключенных производились расстрелами, ядами и внедрением гнойных бактерий. Два раза в месяц производился отбор подлежащих уничтожению. В эту группу попадали истощенные, старики, дети и люди, потерявшие трудоспособность. Порядок уничтожения в лагере существовал следующий: старики и старухи, отобранные во время проверки (аппеля), отправлялись в отдельные помещения — там они раздевались догола и ждали своей очереди уничтожения. Если это был расстрел, то их проводили через коридор в отдельную комнату. Перед люком эсэсовец производил выстрел в затылок, и жертва падала в люк независимо от того, была она ранена или убита.

Люк после этого разгружался — труп или полуживой человек направлялся в печь крематория. Если обреченных на смерть было много, то жертва ждала своей очереди расстрела от одного до десяти часов.

С августа по октябрь 1942 г. и начало 1943 г. был произведен массовый расстрел польской аристократии, жен старших офицеров и генерального штаба; расстреляно 700 человек. Умерщвляли заключенных путем мгновенного введения в вену одного кубического сантиметра эвинала — через 3—5 минут жертва умирала. С ноября месяца 1944 г. шло массовое уничтожение заключенных этого лагеря и целых транспортов из других лагерей (особенно из лагеря Аушвиц) путем отравления в газокамере. Газирование людей производилось и небольшими группами и целыми тысячами. Например, в марте 1945 г. отравили газами около 6 тысяч человек, но так как газокамера не справлялась с газированием, то руководство лагеря сократило срок пребывания в камере, и оттуда поступали в крематорий не только отравленные, но и полуживые. Работа крематория тоже была ускорена, и из него вынимали недогоревшие трупы. В самом лагере отбор лиц для газирования осуществлялся не только немецкими врачами, но и обманным путем заставляли отбирать врачей-заключенных. Это производилось путем составления врачами списков ослабленных, истощенных и длительно болевших. Этим лицам врачи блоков должны были вручить красные карточки. С этими карточками люди отправлялись в лагерь смерти.

Помимо массового истребления заключенных в этом лагере еще практиковалось направление целых транспортов в другие «фабрики смерти». 3 февраля 1944 г. был отправлен транспорт в Люблинский лагерь — 800 стариков, инвалидов и больных. 3 февраля 1944 г. был составлен транспорт евреев и душевнобольных, которые были сейчас же отправлены в концентрационный лагерь Аушвиц в газокамеру. За время существования лагеря точно установить цифры умерщвленных не представляется возможным, но количество жертв в этом лагере превышает 100 тысяч человек.